peak,eccDNA等染色体分布图
简介
比较经典的某区域染色体分布图。以染色体为条形,绘制peak(包括chip-seq,merip-seq,eccDNA等)在染色体上的位置分布。不易绘制过多的区域,否则密密麻麻。参考R包:quantsmooth。
数据说明
数据为两列:第一列是染色体(不带chr),第二列是基因组坐标。由于染色体的尺度非常大,因此对于小片段来说,取中点、起点、终点几乎没有差别。最多绘制两组。
论文例子
Distribution and characterization of extrachromosomal circular DNA in colorectal cancer Fig 4g
如何引用?
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知网学术
正式引用:Tang D, Chen M, Huang X, Zhang G, Zeng L, Zhang G, Wu S, Wang Y.
SRplot: A free online platform for data visualization and graphing. PLoS One. 2023 Nov 9;18(11):e0294236. doi: 10.1371/journal.pone.0294236. PMID: 37943830.
方法章节:Heatmap was plotted by https://www.bioinformatics.com.cn (last accessed on 10 Oct 2024), an online platform for data analysis and visualization.
致谢章节:We thank Mingjie Chen (Shanghai NewCore Biotechnology Co., Ltd.) for providing data analysis and visualization support.