GOID批量转名字,并分配BP,CC,MF分类
简介
基因本体论(Gene Ontology,GO)(http://www.geneontology.org)为注释基因、基因产物和序列开发了一套结构化的、受控词汇表。GO被分成三部分:生物学过程(Biological Process,BP)、细胞组分(Cell Component,CC)和分子功能(Molecular Function,MF)。
本模块剖析GO官网下载的go-basic.obo文件(20240605更新),为每个GOID分配对应的GO term及分类。可以为KOBAS等没有GO分类信息的富集结果添加分类信息,然后进行GO分类绘图。
输入输出
输入为GOID,例如GO:0045177。一行一个,支持批量分配。
输出为:转化后的结果。未转化的结果(例如错误ID,过期的ID等)。
示例
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GO:0045177
GO:0005774
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输出 |
GOID GO term Class
GO:0045177 apical part of cell molecular_function
GO:0005774 vacuolar membrane molecular_function
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如何引用?
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知网学术
正式引用:Tang D, Chen M, Huang X, Zhang G, Zeng L, Zhang G, Wu S, Wang Y.
SRplot: A free online platform for data visualization and graphing. PLoS One. 2023 Nov 9;18(11):e0294236. doi: 10.1371/journal.pone.0294236. PMID: 37943830.
方法章节:Heatmap was plotted by https://www.bioinformatics.com.cn (last accessed on 10 Oct 2024), an online platform for data analysis and visualization.
致谢章节:We thank Mingjie Chen (Shanghai NewCore Biotechnology Co., Ltd.) for providing data analysis and visualization support.