maf汇总图
简介
突变注释格式(Mutation Annotation Format,MAF)是由TCGA制定的一种文本格式,用于存储突变注释信息。在TCGA中,对于突变数据有以下四种类型:Annotated Somatic Mutation, 体细胞突变的注释文件,格式为VCF, 采用VEP软件进行注释,文件后缀为vep.vcf.gz,
Raw Simple Somatic Mutation, 体细胞突变的原始文件,格式为VCF, 文件后缀为vcf.gz
Aggregated Somatic Mutation, protected的突变注释文件,需要账号和权限才可以下载,格式为MAF, 文件后缀为maf.gz
Masked Somatic Mutation, open access的突变注释文件,免费下载的,格式为MAF, 文件后缀为maf.gz(这里使用的是这种)。MAF是专门针对human定义的一种文件格式,通过一个文件就可以包含所有样本的SNV和对应的注释信息,对于下游分析非常方便。在实际使用中,对于VCF文件,可以通过vcf2maf将其转换为MAF格式。调用maftool R包绘图。
输入数据说明
内置了从TCGA下载的33个maf文件(TCGA.*.mutect*somatic.maf.gz)供选择。
论文例子
输入 |
直接选择特定癌症
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输出 |
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如何引用?
建议直接写网址。4400+篇
google学术,3700+篇
知网学术
正式引用:Tang D, Chen M, Huang X, Zhang G, Zeng L, Zhang G, Wu S, Wang Y.
SRplot: A free online platform for data visualization and graphing. PLoS One. 2023 Nov 9;18(11):e0294236. doi: 10.1371/journal.pone.0294236. PMID: 37943830.
方法章节:Heatmap was plotted by https://www.bioinformatics.com.cn (last accessed on 10 Oct 2024), an online platform for data analysis and visualization.
致谢章节:We thank Mingjie Chen (Shanghai NewCore Biotechnology Co., Ltd.) for providing data analysis and visualization support.