lollipop mutation diagram
简介
使用UniProt和Pfam API寻找domain/motif特征,并添加突变信息(若有)。目前仅支持点突变。
数据说明
数据包括5列,第一列是UniProt ID(例如P04637);第二列是突变的位置(整数);第三列是ref氨基酸(单字母);第四列是突变氨基酸(单字母,若无可留空);第五列是点大小(整数,数值越大,点越大)。使用系统默认颜色。
注:第一列必须是uniprot数据库id
论文例子
Lollipops in the Clinic: Information Dense Mutation Plots for Precision Medicine Fig 1.
输入 |
uniprotid pos ref mutation size
P04637 125 T 5
P04637 175 R H 5
P04637 248 R Q 50
P04637 273 R C 50 |
输出 |
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如何引用?
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正式引用:Tang D, Chen M, Huang X, Zhang G, Zeng L, Zhang G, Wu S, Wang Y.
SRplot: A free online platform for data visualization and graphing. PLoS One. 2023 Nov 9;18(11):e0294236. doi: 10.1371/journal.pone.0294236. PMID: 37943830.
方法章节:Heatmap was plotted by https://www.bioinformatics.com.cn (last accessed on 10 Oct 2024), an online platform for data analysis and visualization.
致谢章节:We thank Mingjie Chen (Shanghai NewCore Biotechnology Co., Ltd.) for providing data analysis and visualization support.